年間の医療費が10万円以上かかった場合、年末調整で控除できるのでしょうか？

医療費控除は年末調整の対象にはなりません。

本年中（１月１日から12月31日）に10万円を超える医療費を支払っている人は、確定申告することで、10万円を超える部分の金額を医療費控除として本年の所得金額から控除することができ、所得税及び復興特別所得税が還付される場合があります。ただし、10万円以上の医療費を支払っていても医療費を補填する保険金等を受け取っているのであれば、その金額は支払った医療費の金額から控除されます。　

　なお、医療費の支払い金額が10万円以下であっても、給与の収入金額が約310万円以下であれば医療費控除を受けられることがありますので、次の算式に各金額を当てはめて、医療費控除金額を確認してください。

　医療費控除の金額＝その年中に支払った医療費の金額－医療費を補填するための保険金の受領額－「合計所得金額×5％」と「10万円」とを比較し少ないほうの金額

※医療費は、その支払いが本人または生計を一にしている親族のための医療費であれば認められます。

　親族とは、配偶者、6親等内の血族、3親等内の姻族のことをいいます。

　生計を一にしていることが条件とされていますが、同一家屋に起居しているのであれば、明らかに互いに独立した生活を営んでいると認められる場合を除き、「生計を一にする」ものとして取り扱われます。

また、勤務、修学、療養費等の都合上別居している場合であっても、余暇には起居を共にすることを常例としている場合や、常に生活費、学資金、療養費等の送金が行われている場合には、「生計を一にする」ものとして取り扱われます。

国税庁HP：医療費を支払ったとき

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/04_1.htm

執筆者：梅田