携帯電話の通話料の補助を社員に支給したのですが・・・？

個人の携帯電話を業務で使うということですから、その通話料は会社が負担すること自体は問題がありません。

ただし、支給した金額が社員の給与所得になるかどうかという観点からは、支給方法について検討すべき点があります。実際に業務で使用した実績が、利用明細等で明らかとなっており、その実績額を支給している場合は、給与所得にはなりません。

ただ、今回のケースの場合は、事務の簡便性等を考慮して、一定額を支給する方法を採るということですので、使用した実績に基づいて支給しているということにはならず、給与所得に該当してしまいます。たとえ、使用実績よりも低い金額を支給しているとしても給与所得となってしまいますので、注意が必要です。

給与所得とならないようにするには、利用明細実績に基づいて実績額を支給する方法か、あるいは、会社専用の携帯電話を社員に支給して、業務にのみ使ってもらうようにするかのいずれかの方法が一般的には採用されております。